Για βαριά κακουργήματα οικονομικού χαρακτήρα κατηγορούνται δύο πρυτάνεις, δύο αντιπρυτάνεις και μερικά μέλη της διοίκησης του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας. Μετά από εξωνυχιστικό έλεγχο στο ΕΛΚΕ εντοπίστηκε πως κατά την περίοδο 2005-2010 υπάρχει έλλειμα 1,5 εκατομμυρών ευρώ από τα ταμεία, κυρίως λόγω κακοδιαχείρισης.
Πιο αναλυτικά, οι ελεγκτές του ΣΔΟΕ και των οικονομικών επιθεωρητών βρήκαν πως ο τραπεζικός λογαριασμός του ΕΛΚΕ, με αποθεματικό περίπου 50 εκατ. ευρώ, ποσό το οποίο φαίνεται ότι βρισκόταν επί χρόνια σε λογαριασμό όψεως τράπεζας, με επιτόκιο 0,7%, χωρίς να έχει προηγηθεί κάποια ειδική επενδυτική συμφωνία μεγαλύτερης απόδοσης, ούτε καν να έχουν ληφθεί προσφορές από άλλα τραπεζικά ιδρύματα για μεγαλύτερες αποδόσεις σε ένα τόσο μεγάλο ποσό. Τελικά, το 2010 τα χρήματα «κλείστηκαν» στην ίδια τράπεζα, με πολύ μεγαλύτερο επιτόκιο (7,8%), αφού όμως χάθηκε, σύμφωνα με το πόρισμα των ελεγκτών, ποσό της τάξεως του 1,5 εκατ. ευρώ, λόγω του ασύμφορου επιτοκίου.
Μετά από αυτά τα ευρήματα της εν λόγω έρευνας λοιπόν, ο Εισαγγελέας διαφθοράς της Θεσσαλονίκης έκρινε πως οι ένοχοι πρέπει να συλληφθούν και να διωχθούν ποινικά.
